В одном блоге наткнулся:
отключаем мерцание в онлайн видео
11 августа 2008 ~ 20:26 мне надоело мерцание видео в скайпе, а так же в онлайн тв. причина была в compizе. отключается в убунте в настройках внешнего вида. выставляем галочку — Без эффектов.
так же его можно вообще снести. делается это так. набираем в терминале
dpkg --list | grep compiz
все что выдало сносим
sudo aptitude remove compiz-core compiz-fusion-plugins-extra compiz-fusion-plugins-main compiz-gnome compiz-plugins compizconfig-backend-gconf libcompizconfig0
чтоб не перезагружать комп выполняем
metacity --replace
запустил скайп. больше не мерцает 
Предлагаю другой вариант.
перед запуском приложений, в которых мерцает, пишем в терминале
metacity --replace
наигрались/наобщались — восстанавливаем компиз(уж очень нравится кубик и желеобразные окошки) в терминале в соседнем окошке
compiz --replace
Предупреждение: и метасити и компиз не уходят в режим демонов, то есть если сами не остановились — не останавливать(работать будет как консольное приложение: stdout stderr будет лететь в консоль, а выключите консоль — выключатся и они), иначе слетит вся графика(или почти слетит).
Т.к. у меня всегда отнюдь не один демон весит, да и скрипты гуляют, то у меня всегда поднят экземплят терменала и 2 лишние вкладки не мешают…
Собсна вот:)